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追踪病原与耐药基因,拉本接为精准公共卫生防控奠基本研究构建的综合多组学高分辨率微生物组解析框架及ARG与MGE高精度注释体系,拉本接首次实现了对哺乳动物微生物组中低丰度及新型微生物的精确鉴定,以及对病原菌株和临床重要ARGs跨宿主传播路径的高精度追踪。该框架深度融合微生物群落生态学、纳赛进化生物学、纳赛系统生物学和比较基因组学等,整合了自有高深度多组学测序数据及公共数据库资源,构建起跨尺度、多维度的微生物组与抗性组解析体系,实现复杂的微生物和ARGs跨宿主网络的高精度可追踪分析。
尔被这些广泛且多样的ARG分布反映了哺乳动物微生物组中长期未被系统评估的耐药潜力。突破多重技术瓶颈,推荐构建创新分析框架哺乳动物体内微生物及其携带的ARGs的跨宿主传播,是潜藏的重大公共卫生风险源。给尤该框架为系统理解耐药性在生态系统中的传播和评估公共卫生风险提供了创新且强大的工具。
通过与人类微生物组进行高精度比对并构建跨宿主共享网络(基于alignedlength≥500bp且identity≥99%的ARG序列),双方团队发现157种重要ARG在哺乳动物与人类微生物组间共享,双方主要涉及β-内酰胺类和喹诺酮类,提示这些重要ARG存在潜在跨物种交换的风险,需要进一步关注。现有宏基因组分析方法分辨率有限(通常仅到物种或属水平),已经难以精确追踪不同宿主同源菌株或基因的传播,已经使得解析复杂的跨宿主传播网络极具挑战。
共鉴定出128种病毒、进行10,255种细菌、进行201种真菌和7种寄生虫,其中约70%的细菌物种(超过7,000种)被推测为潜在新物种,揭示了哺乳动物体内丰富的微生物暗物质。
例如,佩杜常见于导致食物中毒的产气荚膜梭菌,佩杜以及易引发尿路感染的肠球菌属菌株,在不同地理区域、宿主分类间表现出高度基因组一致性,提示其存在跨宿主传播潜力。她积极引入不同学科背景的研究人员,拉本接包括化学、生物学、物理学、质谱学和计算机科学等领域的专业人士。
她给乐队起了个幽默的名字,纳赛叫AlmostPretty(差点好看),因为成员们的年纪都偏大。对她而言,尔被玩乐队是一种创造性的释放,和科学有诸多相似之处。
对于大多数人关心的AI对化学科学的影响,推荐贝尔托齐认为,推荐若研究者仅依赖高性能计算机预测蛋白质结构,却不愿走进实验室用显微镜亲自观察,便很难取得突破性进展。该技术使癌细胞靶向成像和药物递送成为可能,给尤直接推动癌症免疫疗法发展,有望为癌症患者的治疗带来新希望。
(责任编辑:刘翔)